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主词条：清承明制、内阁大学士、票拟制度
顺治元年（1644年）五月初三，多尔衮进入北京后，谕令故明官员说：“各衙门官员俱照旧录用，可速将职名开报，如虚饰假冒者罪之。其避贼回籍，隐居山林者，亦具以闻，仍以原官录用。”初六日，又“令在京内阁、六部、都察院等衙门官员，俱以原官与满官一体办事”。这样，清廷定鼎燕京伊始，便全部承袭了原明内阁等中央机构，原明官员也获留任，与满官一体办事，由诸王管部务，中央政权机构迅速运转起来。六部尚书初由满员担任，汉官只能任侍郎。顺治五年（1648年）七月，“设六部汉尚书，都察院汉左都御史，各一员”。陈名夏等六人分任汉尚书，徐起元为都察院汉左都御史。六部、都察院实行满汉复制，此后成为定制。但在清人“首崇满洲”的既定国策下，“权归满人”，汉官只能仰承其鼻息。
多尔衮虽明令原明内阁官员与满官一体办事，但其时重要本章的票拟之权并不在内三院，顺治元年（1644年）六月，大学士冯铨、洪承畴力争恢复内阁的票拟之权。多尔衮听从了他们的建议。冯铨、洪承畴等原明降清大学士，意在将内三院的职掌恢复到明内阁的票拟大权，多尔衮表示同意，这在实际上沿袭了明朝内阁制度。然而，票拟不到一年，多尔衮即认为，“凡陈奏章，照故明例，殊觉迟误”，往往误事，于是决定，各部院以及各省文武官员奏章不再经由内院大学士票拟。所奏与六部无涉者，如条陈政事、外国机密、奇特谋略等本章，“俱赴内院转奏”。于是，票拟之权又形同虚设，这表明了清初统治者不愿有一个靡不所领的权重内阁，惟恐大权旁落。同时，也与当时内三院及廷臣中汉官南北之争有着密切的关系。 主词条：南北党争
顺治七年（1650年），摄政王多尔衮死后，受多尔衮宠信的冯铨被要求致仕。顺治八年（1651年）七月，以吏部尚书陈名夏为弘文院大学士。后因陈名夏案被革职。汉官南北之争又与满族贵族间的矛盾杂糅在一起。
顺治帝亲政后，“好汉语，慕华制”，“求贤图治”，不顾满族贵族的反对，重用汉官，北人南人兼用。顺治十年（1653年），陈名夏、冯铨先后复秘书院大学士、弘文院大学士任。顺治帝谕大学士洪承畴、陈名夏等，将亲考翰林官，以其文之优劣定高下，以备用，于是南北之争又起。冯铨于召对时说：“南人优于文而行不符，北人短于文而行或善。今取文行兼优者用之可也”。竭力排斥南人。而陈名夏曾讥笑北人说：“北方之习喜于抄旧，喜于好用不可读之句与字。”认为“可笑可怪至此”!又说：北人“入署官人，强言谈文，盖足非笑”。冷嘲热讽，认为北人不学无术，却又不懂装懂，“强言谈文”。陈名夏看不起北方人，故“所推毂南人甚众，取忌于北”。南北之争势同水火。顺治帝也知其彼此互不相让，说：“冯铨与陈名夏素相矛盾，朕所习知。”可他却以冯铨之言为是，对陈名夏心存一定戒心，这是因为陈名夏曾入东林党的缘故。
内三院汉官大学士及其间南北之争，又与满族贵族内部矛盾纠葛在一起，使总领百官的内阁难于形成定制。直到顺治十五年（1658年）七月，“慕华制”的顺治帝“斟酌往制”，使名义相符，“共襄化理”，命令“除去内三院秘书、弘文、国史名色”，销毁三院旧印，仿明制，改称内阁，满文称为多尔吉衙门。另设翰林院，满文称笔帖黑衙门。内阁大学士俱加殿阁衔，大学士为正五品，低于六部尚书（正二品），但大学士多以尚书入阁，所以实际上享受正二品。大学士品级之低，正说明清统治者还没有把内阁置于总制均衡的地位，以防大学士权力过大 。 主词条：南书房、军机处
顺治十八年（1661年）正月，顺治帝去世，八岁的康熙帝玄烨继位，由索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政，满族贵族中保守势力执政，以顺治帝遗诏中有“纪纲法度，用人行政，不能仰法太祖太宗谟烈”为由，宣布“率循祖制，咸复旧章，以副先帝遗意”。又恢复内三院，“其内阁、翰林院名色，俱停罢”。康熙八年（1669年），康熙帝清除鳌拜及其同党后，于康熙九年（1670年）八月，承继顺治十五年（1658年）之制，“命改内三院为内阁，设立翰林院”。大学士兼殿阁衔，并兼尚书，学士兼侍郎。至此，清代内阁之制稳定。 雍正皇帝即位后，内阁中的满洲大学士仍拥有较大的权力，继续与议政王大臣遥相呼应，“承旨出政，票拟本章”，严重影响着封建专制主义中央集权制的稳定。雍正帝在与坚持“议政制”的满族亲贵的斗争中，以“紧急处理西北军务”为契机设立了“军机处”，终于为封建专制主义皇权的进一步发展扫除了障碍。
雍正八年（1730年），定满、汉大学士为正一品，大学士成为清朝最高品级的文官。乾隆十三年（1748年），定大学士所兼殿阁为三殿三阁。三殿是：保和殿、文华殿、武英殿；三阁是：文渊阁、东阁、体仁阁。大学士定员每殿阁满汉各二人。礼亲王昭梿说：“文皇（皇太极）践祚之初，改内阁为三院，曰弘文，曰秘书，曰国史，皆置大学士、学士等官，盖仿宋昭文、集贤之制。入关后仍沿其制。至顺治十五年，始复从明制，改设中和殿、保和殿、武英殿、文华殿、文渊阁、东阁诸大学士名。乾隆十三年，特旨罢中和殿大学士，改为体仁阁，以配三殿三阁之名焉。”大学士地位尊崇，“其品列皆首文班。任军机者，自亲王外，其领袖必大学士，唐、元三公尚不及也”。
乾隆时任军机处章京的管世铭在其《鹤半巢诗集·序》中说，内阁、议政处、南书房三者的职掌分别是：“国家初制，章疏票拟主之内阁，军国机要主之议政处，其特颁诏旨，由南书房、翰林院视草。”雍正设置军机处后，大权归之，“机要章奏皆下焉。诏旨有明发、有密寄，由（军机）大臣面呈指挥具稿以进。自是内阁票拟特寻常吏事，而政本悉出机庭，兼议政、视草而一之”。至乾隆时，内阁权更轻，票拟本章只是例行公事，“凡阁臣不入枢府（军机处）者，则一切要政皆不得预闻，宰相备位而已”。内阁实际职权自清至乾隆间的递变，正如《清史稿·大学士年表·序》所说，“清大学士，沿明旧名，例称政府，实则国初有议政处以掣其柄。雍正以后，承旨寄信有军机处，内阁宰辅，名存而已”。 主词条：皇族内阁
宣统二年（1910年）九月，各省代表在资政院会议上提出要求颁布宪法、组织内阁、开设议院等要求，而且奉天的代表要求第二年就召开国会，并认为军机大臣责任不明，要求设立责任内阁。
宣统三年（1911年）五月八日，清政府仿照西方建立责任内阁，军机处和旧内阁被撤销。 接着，摄政王载沣宣布推出新的责任内阁，基本维持了旧体制的人选，13个大臣之中，汉人仅有4个，蒙古旗人1个，满人得了8个，而8个满人中，皇族又占了5个，因此当时都称它为“皇族内阁”，成为君权的延伸。 它的成立表明清政府根本无意实行君主立宪，只是借“立宪”之名集权皇族，抵制革命。在当时，皇族内阁令全国舆论大哗。直接导致了国内反清情绪的高涨，促进了民族革命的爆发。
同年十一月一日，清廷宣布解散皇族内阁，任命袁世凯为内阁总理大臣，要他赶快从前线回京，筹组“责任内阁”。十六日组织新内阁，以梁郭彦为外务大臣，赵秉钧为民政大臣，严修为度支大臣，唐景崇为学务大臣，王士珍为陆军大臣，萨镇冰为海军大臣，沈家本为司法大臣，张謇为农工商大臣，杨士琦为邮传部大臣，达寿为理藩大臣。井以胡惟德、乌珍、陈锦涛、杨度、田文烈、谭学衡、梁启超、熙彦、梁加浩、荣勋分任各部副臣。