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以南京中央门汽车站为中心（火车站也是靠着的）出发，这里交通位置非常好，距离火车站1公里。到任何景点几乎都有公交车。火车站下来可以做1路车（中央门站下）直达，或者坐出租8元起步费。在这里找个宾馆吧。
第一天
1.燕子矶：
长江三大名矶之一，在南京北郊观音门外。是岩山东北的一支。海拨36米。山石直立江上，三面临空，形似燕子展翅欲飞，因称燕子矶。清初康熙、乾隆二帝下江南时，均在此泊舟。矶顶有碑亭，亭中石碑下面有清乾隆帝书“燕子矶”，背面是他的题诗。夜晚登临，水月皓白，澄江如练，为“金陵四十八景”之一。
燕子矶附近有弘济寺、观音阁，寺废阁存。岩山原有12洞，大都是悬崖绝壁，为江水冲击而成。现在只有头台洞、二台洞、三台洞比较有名。其中以三台洞最为深广曲折。洞中有观音泉、小有天等名胜；洞右有石梯，可达一线天；再上有石阶百级，飞阁凌空，别开境界。
中央门北站乘8路到底直达燕子矶公园。
2.鸡鸣寺：
位于城北鸡鸣山东麓，是南京著名古寺之一。本是三国吴后苑，晋为廷尉署。梁大通元年（527年）在此建同泰寺，侯景叛兵围台城时，寺毁于兵火。杨吴建台城千佛院，南唐建净居寺，又改圆寂寺，宋为法宝寺。明洪武二十年（1387年）在同泰寺旧址建鸡鸣寺。相传此地是古战场，元时是刑场。明初迎请西番僧立坛施食，超度幽灵，故名施食台。清同治年间（1862-1874）重修，规模亦缩小。光绪时建豁蒙楼，民国初建景阳楼。楼下山麓，有胭脂井，相传为陈后主与张丽华、孔贵嫔避隋兵之所，传说以帛拭井栏石，石脉有胭脂痕，故称胭脂井，又称辱井。其处北临玄武湖，湖光山色，风景佳丽，是南京著名风景区之一。
燕子矶乘坐8路到玄武门站，换乘3路到鸡鸣寺站下。
3.古城墙：从鸡鸣寺后门下来，解放门上去，可以俯瞰玄武湖，如果各位有脚力的话，可以朝东走到白马公园。冬天太阳下山早，千万要早点上去，否则下面黑乎乎一片。
4.夫子庙：
即孔庙，始建于宋，位于秦淮河北岸的贡院街旁。夫子庙以庙前的秦淮河为泮池，南岸的石砖墙为照壁，全长110米，是全国照壁之最。每年农历正月初一至十八，这里举行夫子庙灯会，热闹非常。
1985年，南京市政府修复了夫子庙古建筑群，还改建了夫子庙一带的市容，许多商店、餐馆、小吃店门面都改建成明清风格，并将临河的贡院街一带建成古色古香的旅游文化商业街；夫子庙既恢复了旧观，又展现了新容。
夫子庙建筑群由孔庙、学宫、江南贡院荟萃而成，是秦淮风光的精华。明远楼是贡院内楼宇之一，位于贡院中间，原是用来监视应试士子的行为和院落内执役员工有无传递关节的设施。“明远”是“慎终追远，明德归原”的意思。楼下南面曾悬楹联，系清康熙年间名士李渔所撰并题：“矩令若霜严，看多士俯伏低徊，群器尽息；襟期同月朗，喜此地江山人物，一览无余。”从联中也可看出明远楼设置的目的和作用。大门上悬有横额“明远楼”三个金字，外墙嵌《金陵贡院遗迹碑》，记述了贡院的兴衰历史。如今这里是南京最著名的步行商业街区，也是最具老南京风味的地方。
鸡鸣寺乘304路直达。个人感觉一般，没去过的人里面逛逛吧，小吃满多的。1路车边上有个回味鸭血粉丝汤店味道不错。
第一天就到此结束，回程乘坐1路车（起点站夫子庙）到中央门下车回宾馆。
第二天
1.中山陵：是伟大的革命先行者孙中山先生的陵墓。中山陵坐北朝南，其中祭堂为仿宫殿式的建筑，建有三道拱门，门楣上刻有“民族，民权，民生”横额。祭堂内放置孙中山先生大理石坐像，壁上刻有孙中山先生手书《建国大纲》全文。中山陵的主要建筑有：牌坊、墓道、陵门、碑亭、祭堂和墓室等。从空中往下看，中山陵像一座平卧在绿绒毯上的“自由钟”。山下中山先生铜像是钟的尖顶，半月形广场是钟顶圆弧，而陵墓顶端墓室的穹隆顶，就像一颗溜圆的钟摆锤。音乐台在中山广场南面。舞台面积近250平方米，台后建有弧形大照壁，具有汇聚声音的功能。台前有弯月状莲花池。池前依坡而建扇形观众席，可容纳观众3000余人。
有时间的话还可以去明孝陵和灵谷寺
中央门站乘坐游1直达中山陵。
2.紫金山：在钟山西峰上。出太平门向右转弯，循盘山公路可直达。该台建成于1934年，是解放前我国唯一的天文台。当时，天文台主要配备有口径20厘米的折反射望远镜和口径60厘米的反光望远镜以及一些小型的仪器。1937年日军侵逼南京，天文工作者携带望远镜主要部件迁往内地，留下的仪器设备遭到严重破坏。建国后，逐步恢复。它藏有我国古代一部分珍贵的天文仪器，还拥有我国自制的60厘米折反射望远镜、太阳望远镜等许多现代化的测量天体的仪器和设备，成为我国一个综合性的天文研究机构。该台开展了对太阳、恒星、行星、人造卫星、射电天文、历算、时间、天文仪器等方面的观测和研究工作，编算出我国的《天文年历》，相继发现一批小行星、彗星、耀星和变星等新天体，为开展行星空星物理、太阳系演化、恒星物理和演化等研究课题提供了宝贵的资料，在人造卫星运动理论、天文仪器制造和天体物理研究等方面，也取得了一定成果。
新建的紫金山索道，全长2350米，高差330米，是我国目前最长的吊椅式索道。从太平门地堡城经紫金山天文台到头陀岭。天堡城与地堡城是太平天国时期修筑的两个重要的军事要塞。天堡城在西峰山上，今紫金山天文台内，筑于绝壁之寂，可以俯瞰全城。地堡城在西峰山下、太平门外，炮台坚固。上下呼应，易守难攻。头陀岭是钟山第二峰，海拔425米，观光索道终点站在此。此处巨岩壁立，山峰险峻，无限风光尽在其中。
可以在中山陵乘游3到紫金山索道站下。
3.总统府：位于长江路292号，这里原是天王府，晚清又将这里重建为两江总督衙门。天王府西花园的西侧有幢西式平房，原系清末两江总督端方的私人花厅，共7间。1912年元旦，孙中山在这里就任临时大总统，后孙中山就将此作为总统办公室和会议室。西花园东北侧的一座中式楼房，后称“中山堂”，是孙中山先生的卧室、餐室和浴室，楼下是警卫人员的住房。国民党统治时期，天朝宫殿一度成为蒋介石的办公处，末期改为总统府。在后面建造了一座子超楼，蒋介石在二楼119房间办公，副总统李宗仁在对面118房间办公，三楼会议厅是当时举行国务会议的所在。
爱好历史的人可以去去，毕竟是很多重量级人物带过的地方，感受一下历史氛围吧。
在紫金山索道乘坐游3，20路或者315路到白马公园换乘44路。
4.湖南路狮子林小吃街：里面店很多，尹氏鸡汁汤包店和南京大牌档两家店都不错。前者的汤包可是大大有名的，后者装修很有特色，东西倒是一般，100分里面可以打70分。一晚上花费90元吃的撑死。
在湖南路上乘坐22路到中央门下车，回宾馆休息。
第三天
1.南京阅江楼风景区
阅江楼景区位于南京城西北，濒临长江。景区内有阅江楼、玩咸亭、古炮台、孙中山阅江处、五军地道、古城墙、地藏寺、五色土、静海寺等30余处历史遗迹，是一个融人文景观与自然景观于一体的全国知名旅游胜地，为国家AAAA级旅游风景区。狮子山原名卢龙山，高78米，周长2公里，有“狮岭雄观”之美誉，为金陵48景之一。明太祖朱元璋在卢龙山以8万军队大败陈友谅40万人马，为明王朝建都南京奠定了基础。登上阅江楼，放眼远眺，浩瀚的大江风光一览无余，令人心旷神怡。背江而望，金陵全景尽收眼底。
直接叫出租车过去，10元车费。
mBeta -
我是旅游专业的学生，希望下面的意见能帮助到你。
1：上午总统府，下午纪念馆，晚上夫子庙。中午可以到新街口吃个午饭，距离总统府很近。晚上去夫子庙，坐游船游秦淮，品南京小吃，还可以购物娱乐。总统府学生半价20；纪念馆免费开放，但是要注意衣着得体；夫子庙免费。白天的景点不会很累，平均2个小时就能玩1个景点。
2：明孝陵，中山陵，灵谷寺。三个景点连在一起，可以一天玩结束。套票140，不仅包括这三个地方，还有很多的小景点，例如音乐台，建国大业里有放到过，可以喂鸽子，5月的景色应该不错。可以凭套票免费坐景区小火车，节省很多的体力，因为钟山风景区实在是太大了。备点零食，景区的东西都不便宜。
3：阅江楼，古城墙。两个景点连在一起，半天不到就可以玩结束。你们还可以去附近的小桃园，绣球公园，狮子山公园玩玩，都是免费的。如果体力还行，还可以走到长江大桥上去看看江景。这些地方距离都很近。如果特别看重古城墙之行，可以去中华门城堡，是最著名的城墙。好像是40元的票，学生应该有优惠。
具体的安排看你们自己，坐车看好贵重物品，出租9元起步1元燃油。如果你们是坐火车来，出火车站时就可以看到广场前的玄武湖。泡温泉说实话不是很方便，比较偏，有机会你可以去马鞍山泡泡。还有，最好别报旅游团，很赶很忽悠人，虽然便宜但是玩下来肯定不开心。有什么疑问可以再问问我。
西柚不是西游 -
我建议自己去，自由点
这是路线
首先，你做火车到南京，如果到南京的时间是早上 ，直接玩，到下午就在附近找个招待所，第二天8点出发
在中央门坐1路到夫子庙(空调车2元/次），到夫子庙景点后随便逛逛，是免费的，还有一些纪念品，里面有一家麦当劳餐厅，在大成殿旁边 晚上坐1路返回
第二天坐游4线到“南京博物馆”下，哪里也是免费的，不过，哪里没有午餐
第3天，到火车站旁边的玄武湖玩玩，门票50/人，如果你有学生证，25元，
里面也有午餐，或者坐136路到“樱花路”下，爬爬山，呼吸呼吸新鲜空气
自己打的，很幸苦，望楼主采纳