争议一：是否影响国家税收 作为传统消费品，世界各国大多对烟草实行高价高税的“寓禁于征”政策。中国自1994年新税制实施后，开始对烟草征收消费税。2001年6月，国务院对卷烟消费税的计税方法和税率进行调整，采取从量定额和从价定率复合计算应纳税额。每大箱卷烟定额税率150元，每标准条(200支，下同)调拨价格在50元(含50元，不含增值税)以上的卷烟税率为45%，每标准条调拨价格在50元以下的卷烟税率为30%。
据国家税务总局数据，2006年卷烟消费税完成1134亿元，增长14.3%，占消费税总额的60%还多。2006年，烟草业完成利税2900亿元，仅次于石油业。中国的税收也因此被评价为“油烟味过重”(即石油和烟草占比重过高)。正因为税收分量重，影响大，一些学者也反对提高烟草税率。
中央财经大学税务学院副院长刘桓认为，如果提高烟草税，会产生一些负效应。因为税收过高，就会导致买烟的人减少，对行业影响就会很大，进而影响国家税收。
美国卫生研究署的叶东升告诉记者，烟草征税是美国政府最有效的税收手段，管理费最少，受益最大。“中国目前的状况就很像多年前的美国，明知道烟的危害，却被表面上的利益所蒙蔽。”据世界银行2001年所作的一个调查，如果消费税提高，香烟价格就会提高，消费量相应会下降，但消费量下降的幅度低于价格上升的幅度，总的来看，国家的税收总量是提高的。调查同时认为，由于政府可以严格监控香烟生产量，收税将是容易的。“虽然香烟消费量下降，但由于税率提高，国家总体税额并不会减少。”杨功焕说。
争议二：是否降低烟草消费量
中国人民大学教授岳树民认为，中国的香烟消费分为几个档次，高档烟的礼品意味很重，抽的不买，买的不抽，这种消费的价格弹性极小，甚至可能越涨价购买意愿越强。
至于中低端市场，岳树民认为，由于具有上瘾性，香烟是价格弹性很小的商品，一般消费者不会因为价格提高就放弃吸烟。因此，提高烟草税对降低消费量的影响将微乎其微。
中国社科院财政与贸易经济研究所杨志勇也认为，最好不要轻易动用税收政策，控烟还是通过政府管制和宣传教育来进行会比较有效。与财税专家意见不同，世界银行所作的调查显示，香烟价格每提高10%就会相应降低发达国家4%的消费量，在发展中国家，降低率更高达8%。
调查强调了提高烟草税对减少青少年吸烟的重要作用。青少年由于经济能力弱，对香烟价格更加敏感，香烟价格如果提高10%，将会有同样比例的年轻人减少抽烟。更重要的是，由于进入吸烟队伍的门槛提高，高价格将会阻止一些年轻人抽烟。
事实上，通过提高烟草税来控制吸烟在全球已有很多成功先例。据美国统计，当烟草税提高10%，有7.9%至12%的青少年减少购烟。而来自中国香港的调查表明，戒烟的主要原因有两个，一是个人健康，二是经济负担。1983年港英当局曾大幅增加烟草税300%，吸烟人数随即下降20%，效果相当明显。在加拿大和英国，提高烟草消费税也取得显著成效。
正因如此，世卫组织在十多年前就已呼吁其会员采用增加烟草税的方法来阻止青少年购烟。根据国家统计局与中国卷烟销售公司联合作的调查，吸烟率与职业及收入有较大关联。一般来说，收入较高的高级管理/专业人员、一般管理/技术人员、雇主(包含个体工商户)、自由职业者吸烟率也较高。
中国控制吸烟协会原副会长张义芳分析，这表明，吸烟者的行为受到烟草价格的影响。提高烟草消费税导致的香烟价格提高必然会使一部分吸烟者放弃或者减少吸烟行为。
争议三：是否对低收入者不公
在对提高烟草消费税的反对声中，一个很容易引起共鸣的观点是：提高烟草消费税将会增加吸烟人群中低收入者的经济负担，对他们是不公平的。
岳树民告诉记者，他曾经与韩国人士交谈，对方认为提高香烟消费税不符合公平原则。他们认为，中低收入者吸烟较多，加征烟草消费税实际上是对穷人征税。而由于香烟的上瘾性，尽管价格提升，还是要消费，因而负担加重。
杨功焕对此有不同看法。她认为，低收入者往往对价格更加敏感，因而提高消费税更容易导致其减少抽烟。
根据上述国家统计局与中国卷烟销售公司所作统计，2005年农村卷烟消费者每日平均抽烟高达19.22支。专家认为，提高香烟价格将会显著减少农村的香烟消费量。
世界银行的调查中专列章节研究提高烟草税对低收入者的影响。调查报告分析，低收入者的香烟消费往往占其收入的比例更高，为应对香烟价格提高，他们更有可能戒烟或者减少抽烟，这样一方面对其身体健康有益处，同时也使得他们把本来用于购买香烟的收入用来消费其他商品和服务。如此，将会导致社会对其他商品和服务的需求增加，并导致这些行业的就业增加。
杨功焕认为，通过提高烟草消费税使低收入者减少吸烟量并非不公平。一方面，低收入者因为经济压力减少了香烟消费量，这样导致与抽烟相关的疾病减少，从而减少了医疗费用的支出；另一方面，政府把提高的税收划拨部分用于公共教育、卫生中，这将使低收入者受益。
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