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深圳足球俱乐部由容志行、曾雪麟等人努力下在1994年1月26日正式挂牌组建，是一家会员制职业足球俱乐部，规模为12名团体常任会员、100名团体会员和300名个人会员。但后来转为股份制职业足球俱乐部，是广东省最早成立的职业足球俱乐部之一，以“国内领先、亚洲一流、世界知名”为俱乐部的目标。
球队成立首年在首任主教练胡之刚的带领下，获得乙级联赛冠军，次年（1995年）升入甲B联赛并获得当年冠军，并于成立第三年（1996年）升入当时的中国足球顶级联赛甲A联赛，率先创造了中国足坛一支球队从成立到进入顶级联赛的最快纪录，凭借“三连跳”的表现创下了足球圈内的深圳速度。但球队于同年因战绩不佳重新降入甲B。
1997年1月，平安保险集团全资收购深圳足球俱乐部，三年会员制时期终结。俱乐部冠名为深圳平安，获得甲B联赛亚军，重新得到甲A联赛晋级资格。
1998年，在经历了前半赛季的的帅位更迭后，亚洲足坛名宿、韩国人车范根在赛季半程从韩国国家队卸任加盟担任主教练，车范根亦是俱乐部首位外籍主教练。1998年底深圳足球俱乐部收购当时火车头一线队队员，其中包括此前已在深圳队踢了半年联赛的李玮锋及李毅、鲍文杰、杨光等人。1999年，车范根再度率队保级成功，帮助深圳队在顶级联赛立足。
2000年，巴西人塔瓦雷斯因“平安六君子事件”下课，领队朱广沪接替成为深圳足球队的主教练，甲A联赛获第九名。
2001年，在主教练朱广沪的带领下，球队获得了联赛第五名，在此后的数年间深圳足球队开始成为中国足球联赛的强队之一。
2002年，球队开始在甲A联赛中崭露头角，获得了联赛半程冠军，是继大连实德、上海申花后第三支获得过联赛半程冠军的球队，并最终以扑克牌抽签方式获得联赛亚军，这是球队在甲A联赛的最佳成绩。12月，广东健力宝集团从平安保险集团全资收购深圳足球俱乐部。
2003年，深圳足球俱乐部也更名为深圳健力宝足球俱乐部，最终获得联赛第四名。这段时间球队实力有了长足进步，拥有李玮锋、李毅、杨晨、郑智、郑斌等国脚，成为当时拥有现役国脚最多的甲A球队，再加上阵中多名外援国脚和本土实力派球员，球队开始被球迷称作“皇家健力宝”。
2004年，深圳健力宝成为中国足球超级联赛的创始球队，并在朱广沪带领下，球队在七个月未发工资和奖金的情况下夺得了自己的首个联赛冠军，成为第四支染指过顶级联赛冠军的球队及首支夺得顶级联赛冠军的广东省球队，并且和山东鲁能一起获得了参加2005年亚洲冠军联赛的资格。由于2004年甲A联赛变身中国足球超级联赛（简称“中超”），深圳队也成为了首届中超冠军。
2005年，深圳队在亚足联冠军联赛一举杀进最后四强，但半决赛两回合总比分0-6败给了当届亚军艾恩而无缘决赛。但由于俱乐部资金紧张，经营不善，球队财政状况糟糕，再加上在队中地位颇高的主教练朱广沪被中国足协选中，离开球队担当国家队主教练，引致队内一批国脚和实力选手出走，球队实力大受影响。随后，迟尚斌担任主帅，欲从严治军，却与球队中的一些“大哥大”球员（后迟与当时俱乐部总经理杨塞新将其称之为“球霸”）关系紧张，球队成绩差强人意，迟也被迫下课。在这一年内球队竟换了三位主教练分别是迟尚斌、郭瑞龙和谢峰，结果在中超联赛26场比赛只有4场赢球，在14支球队中仅列第12名，成为中国足球职业化12年来成绩最差的卫冕冠军。尽管有种种困难，球队在中超杯获得亚军及亚洲冠军联赛还是晋身半决赛，创造了不错的成绩。进入亚冠四强也是中超联赛成立以来亚冠成绩最好记录保持者。11月，广东健力宝集团转让深足90%的股权给汇中天桓财团，并继续拥有深足的10%股权。此后，深足的股东多次发生变动，最终由与澳门赌场有关联的“港商”杨塞新成为大股东，但是健力宝集团始终直接持有深足的10%股份。
2006年，球队获一家深圳本地知名啤酒企业出资冠名，而冠名为深圳足球俱乐部金威啤酒队，这个赛季聘请了在广东足坛颇有渊源的王宝山担任主教练，但无奈于实力派球员纷纷被套现出走，最终仅以第十一名完成中超。
2007年，球队获一家广州企业赞助，而冠名为深圳香雪上清饮足球俱乐部，并为了赞助商的要求将其中五场中超赛事移师到广州进行，但最后只将两场中超搬到广州的广东省人民体育场进行，最终张军率自己由梯队一路带起的年轻球员以薄弱的阵容获得第十四名完成赛季，成功保级留在中超。但赛季结束后，号称对球队成绩和表现极度不满的投资人杨塞新宣布出让深圳队，不再投入。
2008年，在赛季开始之前，深圳队就几乎面临无人接手濒临解散的危局，最终通过深圳市足协托管而保留下来。在首轮比赛后，深圳队客战上海申花失利，随后深足俱乐部宣布麦超因广州足协召回而下课，创下了中超联赛以来主教练下课最早纪录。原领队及梯队教练张增群接任主教练一职，前主教练王宝山随后加盟担任技术顾问。得益于武汉光谷退赛，并凭借当季并列联赛金靴安哥拉外援约翰森和半程加盟的老将宋黎辉后半程的爆发，艰难地在中超再度保级成功。赛季结束后，自深圳队建队后便一直使用的训练基地——笔架山基地，由于要改造成2011年世界大学生运动会的训练场馆，被拆除重建，故深圳队也不得不搬离这里，开始了没有固定训练基地的流浪时期。
2009年，以万宏伟为代表的财团及建队元老球员范育红的深圳南山少年足球俱乐部正式宣布收购深足全部股份，成为深足新股东，俱乐部注册名称暂为深圳亚旅足球俱乐部。深足前队员范育红、李远平分别出任俱乐部总经理兼主教练、助理教练，前主教练路建人出任领队、守门员教练及新闻发言人，甲A时期的人气教练塔瓦雷斯回归出任技术顾问兼执行教练。足坛元老、前国家队主教练，同样亦是建队元老的曾雪麟亦重返深足，担任球队的总顾问。广东健力宝集团持有的深足10%股权成功转让，“健力宝”已完全退出深圳足球俱乐部。在第二回合广东德比中1比6大败使得范育红失去了帅位，另一前球员和教练谢峰回归上任，并被一度视为04年的冠军主帅朱广沪回归的前奏，但随着朱广沪转而加盟陕西浐灞而破灭。9月23日，深圳足球俱乐部由俱乐部股东发起成立的红钻公司冠名球队为深圳红钻足球队，并且成为第一支尝试实现自创品牌、自主经营、自我冠名的中国职业足球俱乐部。在主场对上海申花的比赛后，因错穿球衣事故而被中国足协倒扣联赛积分3分的极度不利情况下，球队在联赛最后10轮取得6胜4平的不败战绩，完成了保级。半程从上海申花租借来救驾的外援最佳射手埃尔南·巴尔克斯以17个进球（代表深圳队14场攻入14球）荣获2009赛季中超联赛金靴。
2010年，来自塞尔维亚的塞浦路斯前国脚射手，亦是前贝尔格莱德红星队主教练的高歌奇成为深足的主教练。崇尚进攻理念的高歌奇带领传统上以防守反击著称的深足在前四轮取得3胜1平，一度令人意外地跃至中超榜首。但从第五轮客场负于陕西浐灞开始，球队就陷入9轮不胜(3平6负)的尴尬。5月15日，深足俱乐部召开新闻发布会，宣布贵州茅台集团正式成为深圳队的主冠名商，贵州茅台保健酒业将买断深足胸前广告，并冠名赞助球队为期三年，赞助金额总计超过一亿元，球队冠名为深圳茅台红钻队。深足在经过一个“过山车”般的赛季后，在最后一轮方宣告保级成功，2010赛季深足最终排名第12位。半程加盟的新西兰国脚基伦以14场进8球成为队内最佳射手，日夫科维奇则以10个助攻荣获队内及中超助攻王。
2011年2月22日，外号“白巫师”的法国名帅特鲁西埃担任球队的主教练，合同期限为三年。他签下了卷诚一郎和乐山孝志两名日本球员，这也是中超联赛史上首次出现日本外援。因要让路大运会，深圳队要将大部分主场比赛迁到惠州和博罗体育中心进行,联赛上半程，全队2胜2平12负只拿到8分为球队降级埋下了伏笔。其中在惠州的最后一个主场比赛,深圳队战胜大连实德，是深圳队首次在主场联赛中击败大连实德，上一次深圳队在联赛击败大连实德是2002年甲A联赛的客场比赛。在大运会结束后，宝安体育场成为球队的新主场。但这个赛季球队仍在特鲁西埃过于激进的年轻化换血和战术改造下，尴尬地刷新了多项球队的队史记录——单一赛季中超积分最少（23分）、客场一场不胜(4平11负)、失球最多（53球）及输球场次最多（17场），在顶级联赛屹立14年后再度降级，同时深圳队也成为在职业化后首支从顶级联赛降级的前冠军球队 。
2012年，特鲁西埃以俱乐部划给的全权转会决策权和充足引援资金，在季前便引入11名新援，剑指冲超。深圳队在草皮良好的主场宝安体育场可打出精彩取胜的传控足球，却在客场屡屡受制于不适合地面推进的草皮状况，和自身缺乏变通的固执战术和及时的临场调动。在客场仅取得2胜2平，却有8场输球和连续7轮客场不胜后，深圳队早早基本失去了冲超机会。但新加盟的法国外援射手巴巴卡以23粒进球夺得中甲金靴，并打破此前李毅保持的队史单季进球纪录的。赛季结束后，俱乐部选择继续留用特鲁西埃，辞退了两位一度在赛季中后期代理带队的助理外教。
2013年，队长和后防中坚弋腾以高达一千万人民币的队史第一高价离队。开局四连主场，深足在雨后对弱旅湖北华凯尔率先失球后反超，险些开局便翻船，随后接连完败潜在的冲超对手广东日之泉和哈尔滨毅腾。直到第五轮赛季第一个客场，并且凭借张世昌的神勇表现从状态火热的北京八喜主场围攻中全取三分。取得深足在特鲁西埃近3年治下仅仅第4场客场胜利。 该场险胜成为了赛季首个分水岭，深足却以联赛6连胜打破了队史中的联赛连胜纪录（4连胜）。（期间另有一场主场足协杯赛入3球，总计为全部一队赛事7连胜）。 但在随后的一周长途客场双赛中先后失利，不过球队并未受太大影响再取三连胜，逐渐追近领头羊河南建业，不过在上半赛季最后一轮直接对话的榜首大战中客场遗憾小负。 尽管被河南建业击败甩开，但深足仍取得半程亚军的冲超有利位置。紧接而来连续四连客场中，深足遭遇不顺难保清白，净吞10球仅取1分，自此一落千丈后半程联赛客场全部九轮不胜仅得两个积分，再度滑落出冲超集团。赛季结束积分排名联赛仅第五。 2013赛季结束后主帅特鲁西埃也合约到期离任。随后俱乐部宣布了下赛季的新赞助商小牛资本，并由中方教练组中的李毅担任代理主教练，王宏伟担任助教，后均转为正式任命。
2014年，深足在世界杯休战期前半年尚且稳扎稳打，尽管俱乐部累积的拖欠薪水和奖金问题逐渐恶化，并深陷转让传闻中，但仍取得了中上排名并非全无冲超希望。但俱乐部的转让进程由于以往累积的股权乱局和万宏伟要求保留少部分股份的条件，从5月起就开展却难以成交，从而使得球员和俱乐部间的欠薪矛盾在随后以一种极端的形式爆发。 2014年7月15日，深圳红钻在主场深圳宝安体育场进行的中国足协杯第三轮赛事以0-5惨败山东鲁能，但是赛事焦点却集中在了深圳红钻队员赛前讨薪事件上。队员们赛前就因被欠薪而计划放弃本场比赛，经各方一番紧急沟通后，深足队员同意参赛，但球员仍以特殊方式表达对欠薪的不满。在本场比赛开始前，深足队员们举起上面写道“请求政府足协帮助，球员生活已无法维持，还我血汗钱”的横幅。在裁判吹响开赛哨后，深足队员们面向本方的球门默站了足足30秒，以示对俱乐部长期拖欠薪酬的抗议，事后迅速在全国引起热议。足协也立刻发出工作组到深圳调查并维稳，尽管作出了再不解决欠薪就会遭到扣分以及乃至明年不准予注册参赛的警告，但仍无助于解开俱乐部本身积重难返的结。在代表其中一家竞购方新到任的副总，亦是深足的老面孔孙刚和教练组的努力下，只能偶然收到俱乐部通过高利贷等预支手段筹发的基本薪水的球员没有再出现通过集体罢训罢赛抗议的情况，但球队在时常遭遇外援因欠薪拒绝出赛的困难上难保成绩理想，不过仍实现了提前保级并尽量攒分以预防足协可能作出的扣分出发，最终以第十名结束了一个场上偶有亮点，场下却行走于解散边缘的困难赛季。
2014年12月19日，俱乐部召开记者招待会宣布深圳兆能源酒店供应股份有限公司通过注资的方式获得俱乐部55%的股权并成为新控股方。同时，俱乐部名称改为中性的深圳市足球俱乐部。