内设机构：办公室（外事办）、综合计划处（经济运行处）、专卖监督管理处（与专卖稽查总队、内部专卖管理监督处合署办公）、卷烟销售管理处、政策法规与体制改革处、财务管理处、审计处、科技处（与烟草质量监督检测站合署办公）、安全保卫处、人事劳资处（与职业技能鉴定站合署办公）、监察处（与党组纪检组合署办公）、思想政治工作处（与机关党委、行业工会合署办公）专业部门：经济信息中心、离退休人员管理办公室、机关服务中心、职业技能鉴定站、烟草质量监督检测站、浙江省烟草拍卖行、投诉中心、烟草学会秘书处、综合整顿办公室子公司：浙江烟草进出口有限公司、浙江烟草投资管理有限责任公司
